El río Tajo es un río internacional compartido entre España y Portugal, que necesita la coordinación y gestión conjunta tal y como establece la Directiva Marco del Agua, tanto en lo que afecta a la calidad como a la cantidad del agua que transita por el mismo.
El límite superficial del Proyecto y futuro Sistema abarca una superficie de 26.826 km2; 16.270 km2 en territorio español y 10.556 km2 en territorio portugués. Siguiendo el curso del río Tajo el ámbito comienza aguas abajo del Embalse de Azután, en el entorno urbano de Puente del Arzobispo (Toledo), y recorre 356 Km de cauce del río Tajo hasta finalizar aguas abajo de su confluencia con el río Zezere, en el entorno del centro urbano de Tancos (Santarém).
El ámbito territorial del Proyecto se extiende por las Comunidades Autónomas de Extremadura, Castilla-León y Castilla la Mancha, en ámbito español, y los Distritos de Castelo Branco, Guarda, Coimbra, Leiria, Santarém y Portalegre, en ámbito portugués.
Desde el punto de vista de la gestión hidrológica el SICOINFRONJO abarca en su totalidad los Sistemas de Gestión (macrocuencas) de Alagón, Árrago, Tajo Bajo y Erjas, Almonte y Tajo Internacional y Salor, en ámbito español, y Aravil, Erjas, Nisa, Ocreza, Ponsul, Sever, Tejo 1, Tejo 2 y Zezere, en ámbito portugués.