Estructura
Bajo la dependencia directa de la Presidencia, la Confederación está estructurada en cuatro unidades. Las funciones de éstas Unidades están definidas en el Real Decreto 984/1989, de 28 de julio, por el que se determina la estructura orgánica dependiente de la Presidencia, y son las siguientes:
Funciones
Las Confederaciones Hidrográficas están concebidas por la Ley de Aguas (en sus artículos 19 y posteriores) como los Organismos responsables fundamentalmente de la administración hidráulica de las cuencas intercomunitarias. El artículo 21 de la Ley de Aguas establece como funciones de la Confederación:
La elaboración del Plan Hidrológico de la cuenca, así como su seguimiento y revisión.
La administración y control del dominio público hidráulico.
La administración y control de los aprovechamientos de interés general o que afecten a más de una Comunidad Autónoma.
El proyecto, la construcción y explotación de las obras realizadas con cargo a los fondos propios del Organismo, y las que les sean encomendadas por el Estado.
Las que se deriven de los convenios con Comunidades Autónomas, Corporaciones locales y otras Entidades públicas o privadas, o de los suscritos con los particulares
Ley de aguas