La presa de El Rey se sitúa en la ZEPA ES0000142 “Cortados y Cantiles de lo Ríos Jarama y Manzanares”y LIC ES3110006 “Vegas, Cuestas y Páramos del Sureste. La ZEPA incluye los páramos, vegas, cuestas y cantiles asociados a los cursos bajos de los ríos Jarama y Manzanares. Esta ZEPA, a pesar de su elevado grado de alteración debido al importante desarrollo industrial y minero que sufre, presenta un gran interés faunístico, florístico y geomorfológico.

El embalse de El Rey se sitúa en un entorno periurbano de gran relevancia histórica y ambiental, próximo al Parque Regional del Sureste, lo que contribuye al mantenimiento de los ecosistemas de ribera y zonas de humedal. Sin embargo, el acceso y uso del embalse están regulados conforme a la normativa vigente, limitándose su explotación a los fines hidráulicos y de regulación establecidos.

Por su función agrícola y de control de caudales, no está permitido el baño ni la navegación en sus aguas, ya que se trata de una infraestructura orientada a la regulación hidráulica y de carácter técnico, no destinada al uso recreativo.