El origen del embalse se encuentra en una concesión a la compañía "Saltos del Alberche S. A." otorgada en 1926, que permitía la ejecución y explotación de tres grupos de obras dirigidas al aprovechamiento íntegro del llamado "tramo industrial" del río Alberche. Cada grupo comprendía la creación de un gran embalse y un contraembalse, con sus respectivos saltos en la parte alta, media y baja de dicho tramo del río Alberche. En todo caso, la generación de energía hidroeléctrica quedaba condicionada a la satisfacción prioritaria de las demandas de riego. Las obras del primer grupo: embalses de "El Burguillo" y "Charco del Cura, finalizaron en el año 1931 y permitieron la puesta en marcha de 10.000 hectáreas de tierras de riego en la región de Talavera. El siguiente grupo, formado por los embalses de San Juan y Las Picadas, finalizó en 1963. El último grupo fue el formado por los embalses de Cazalegas y Portiña (contraembalse de Cazalegas).  

Las aguas del embalse de San Juan se utilizan para abastecer a Madrid, mediante la conducción Picadas II – Valmayor, y para regular el río Alberche con fines de riego. Asimismo, generan energía hidroeléctrica gracias a una central construida a pie de presa.

El embalse y su entorno pertenecen a la Zona Especial de Conservación (ZEC) “Cuencas de los ríos Alberche y Cofio”, y a la Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA), “Encinares del río Alberche y río Cofio”.
El embalse de San Juan constituye una apreciada área de recreo, situada a tan solo 70 km de Madrid. Dispone de 14 kilómetros de playa y en sus aguas está autorizado el baño (es necesario consultar siempre la información actualizada en la página Web del Ministerio de Sanidad: NAYADE). Además, constituye una zona navegable para embarcaciones con y sin motor, si bien sujeta a restricciones respecto a áreas, épocas del año y número máximo de embarcaciones (se debe consultar siempre la información actualizada en la página Web de la Confederación Hidrográfica del Tajo).